På grund af det rige fugleliv er Det Sydfynske Øhav udpeget som internationalt fuglebeskyttelsesområde i henhold til såvel EU – fuglebeskyttelsesdirektivet som Ramsar - konventionen.
Det Sydfynske Øhav blev af Miljø- og Energiministeriet pr. 1. september 1996 udlagt som vildtreservat, hvilket betyder jagtforbud og færdselsreguleringer på nogle af de steder, hvor fuglene søger føde eller yngler. Danmark har dermed en særlig forpligtelse til at passe på naturområdet samt til at beskytte områdets fugleliv.
Nogle områder i Det Sydfynske Øhav er ynglefuglereservater, hvor der er færdselsforbud i yngletiden, typisk fra 1. marts - 15. juli. Man må således ikke forstyrre ynglefuglene i denne periode på disse øer, holme og rev, ligesom det er forbudt at færdes tættere end 50 meter omkring områderne i samme periode.