Aufgrund ihrer reichen Vogelwelt ist die Dänische Südsee sowohl durch die EU-Vogelschutz-Direktive als auch durch die Ramsar-Konvention als internationales Vogelschutzgebiet ausgewiesen.
Die Dänische Südsee wurde ab 1. September 1996 vom dänischen Umwelt- und Energieministerium als Wildreservat benannt, was ein Jagdverbot mit sich zog sowie Verkehrsregulierungen an jenen Orten, wo Vögel Futter suchen oder brüten. Dänemark hat somit eine besondere Verpflichtung, auf seine Naturreservate achtzugeben und die Vogelwelt zu schützen.
Einige Gebiete in der Dänischen Südsee sind Brutvögel-Reservate, wo in der Brutzeit Fahrverbot herrscht, typischerweise vom 1. März bis zum 15. Juli. Man darf die Brutvögel in diesem Zeitraum auf diesen Inseln, Holmen und Riffen nicht stören und es ist verboten, sich in dieser Periode näher als 50 Meter von diesen Gebieten aufzuhalten.